應該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊,在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次,KERORO軍曹的面前出現(xiàn)了最新!最惡!最強的敵人!!故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀,喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興,可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情。他們在那里因為迷路而發(fā)現(xiàn)了遺跡,后來因為突發(fā)狀況而不得不從那里逃出。但在那時,冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女。抱著對少女的不解之迷,冬樹與KERORO回到了東京。不過這時,最強的敵人出現(xiàn)在了他們面前。樣子和KERORO一模一樣,但與KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO。他帶領著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動。而迎擊這一切的KERORO小隊的命運是?……